「自分のことを快適にしてください」つまり「くつろいで楽にしてください」の意味。Make yourself at home. （自分の家と思って楽にしていてください）や Take your time.（気楽に過ごしてください） とも言うことができます。

＜SKIT＞

A：You can wait here. Please make yourself comfortable.

B：Thank you.

A：ここでお待ちを。どうぞ、くつろいでいて下さい。

B：それはどうも。

「英会話お決まり表現160」（マクミラン・ランゲージハウス　浦島久、クライド・ダブンポート共著）より