「自分の見方は違っているが、相手はどう考えようと自由だ、勝手にすればいい」というやや投げやりな表現です。他のフレーズとしては、That’s your opinion. （それは君の意見だろ）/ Think what you want.（好きなように考えればいいよ）があります。
＜SKIT＞
A：You lied to me.
B：If that’s what you think.
　　A：嘘をついたのね。
　　B：君がそう思うならね。
『英会話お決まり表現160』
（マクミラン・ランゲージハウス　浦島久、クライド・ダブンポート共著）より